Załącznik opublikowano: 2019-02-22

Sprawa znak: 141.2713.6.2019

Nr wew. sprawy: 141.2713.6.2019/1

Kraków, dn. 22.02.2019r.

 

 

Dotyczy: Postępowania o udzielenie zamówienia z dziedziny nauki prowadzone w trybie procedury ogłoszenia o udzielanym zamówieniu na podstawie art. 469 ustawy o z dnia 20 lipca 2018r. – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (tekst jedn.: Dziennik Ustaw z 2018r. poz. 1668 z późn. zm.), w związku z art. 4d ust. 1 pkt. 1) ustawy z dnia 29 stycznia 2004r. – Prawo zamówień publicznych (tekst jedn.: Dziennik Ustaw z 2018r. poz. 1986 z późn. zm.), oraz ustawy z dnia 23 kwietnia 1964r. – Kodeks cywilny (tekst jedn.: Dziennik Ustaw z 2018r. poz. 1025 z późn. zm.). na wyłonienie Wykonawcy w zakresie wykonania sekwencjonowania transkryptomu człowieka (mRNA) w 200 próbkach całkowitego RNA, metodą NGS wraz z analizą danych i wsparciem bioinformatycznym dla Katedry Neurologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medicum w Krakowie ogłoszonego i zamieszczonego w Biuletynie Informacji Publicznej pod nr 141.2713.6.2019 w dniu 18.02.2019r.

 

ODPOWIEDZI NA PYTANIA

Uniwersytet Jagielloński – Collegium Medicum w Krakowie informuje, iż w przedmiotowym postępowaniu wpłynęło pytanie, które Zamawiający przedstawia poniżej wraz z udzieloną odpowiedzią.

Pytanie 1 z dnia 21.02.2019 r.

Ogłoszenie i zaproszenie do złożenia ofert w postępowaniu o udzielenie zamówienia z dziedziny nauki. Punkt. 4 Warunki udziału w postępowaniu. Podpunkt 1.2

Zleceniodawca wymaga, aby Wykonawca udokumentował wykonanie co najmniej trzech usług sekwencjonowania RNA metodą sekwencjonowania następnej generacji przy czym określa parametry, aby co najmniej jedna usługa dotyczyła sekwencjonowania 60 prób RNA z uzyskiem 40 mln odczytów na próbkę, co przy metodzie sparowanych odczytów 150 pz, miało dać 12 mld odczytów na próbkę, a łącznie 720 mld odczytów. Podobnie dla dwóch pozostałych wymaganych usług, aby dotyczyły one sekwencjonowania co najmniej 20 prób RNA z uzyskiem 35 mln odczytów na każdą, co przy strategii sparowanych odczytów 150 pz miało dać 10,5 mld odczytów.

Tymczasem tryb sparowanych odczytów 150 pz, czyli w sumie 300 cykli, stosuje się zwykle do sekwencjonowania próbek DNA (np. genomowego, eksomowego), podczas gdy w sekwencjonowaniu próbek RNA, choć teoretycznie też możliwy, to jednak powszechnie przyjętą i stosowaną metodyką jest tryb sparowanych odczytów 75 pz czyli w sumie 150 cykli. Niemożliwym zatem jest uzyskanie wymaganego ilości danych, gdyż uzyskując 40 mln odczytów na próbkę RNA przy parametrach sparowanych odczytów 75 pz uzyskuje się 6 mld odczytów czyli połowę wymaganej ilości danych w tym kryterium. Wyklucza to zatem spełnienie podanych kryteriów w przypadku realizowanych usług sekwencjonowania RNA przez ewentualnych wykonawców. Wymaganymi parametrami Zleceniodawca zatem dyskwalifikuje możliwość udokumentowania doświadczenia ewentualnych wykonawców w sekwencjonowaniu RNA, a potwierdzeniu takiego doświadczenia zapis ten w ogłoszeniu miał służyć.

Czy w związku z tym, Zleceniodawca zmieni zatem zapis w ogłoszeniu oraz formularzu dotyczący powyższych parametrów w zrealizowanych usługach na sekwencjonowanie próbek RNA, do którego udokumentowania wezwani są Wykonawcy? Prośbę naszą motywujemy tym,  iż takie sporządzenie warunków udziału w postępowaniu znacząco ograniczają konkurencję.

Odpowiedź:

Zamawiający informuje, iż utrzymuje niezmienione zapisy w Ogłoszeniu oraz Załączniku A do Ogłoszenia, a także w Załączniku 2 do Formularza oferty dotyczące wymagań parametrów sekwencjonowania (odczyty sparowane o długości 150 par zasad). 

Zamawiający wyjaśnia równocześnie, iż ze względu na to, że zamówienie realizowane jest w ramach projektu naukowego, spełnione muszą być bardzo wysokie standardy gwarantujące wybór Wykonawcy posiadającego odpowiednio duże doświadczenie w zakresie techniki RNAseq .

Wskazać należy, iż dłuższe odczyty (niezależnie czy dotyczą genomowego DNA czy cDNA powstałego na matrycy mRNA) zwiększają specyficzność uliniowienia zsekwencjonowanych fragmentów DNA do genomu referencyjnego. Dzięki temu możliwe jest uniknięcie podwójnego mapowania do tzw. paralogów. Ponadto długość odczytów ma znaczenie w przypadku oznaczania alternatywnych transkryptów (alternatywny splicing). 

Zamawiający ponadto zauważa, iż dotychczasowe doświadczenie uzyskane podczas realizacji innych projektów, gdzie do analiz transkrypcyjnych wykorzystywane były uliniowione fragmenty o długości 150 nukleotydów oraz wymagania stawiane przez recenzentów w wiodących czasopismach naukowych utwierdziły Zamawiającego w przekonaniu, iż analogiczne podejście do tego typu analiz w kolejnym projekcie jest w pełni uzasadnione.

Dlatego też nie można podzielić wniosków wynikających z pytania ani uznać, jakoby warunek udziału w postępowaniu ograniczał konkurencję, gdyż jest on w pełni adekwatny i proporcjonalny do zakresu i przedmiotu zamówienia w niniejszym postępowaniu.

 

Jednocześnie Zamawiający informuje, iż powyższe pytanie i odpowiedź do Ogłoszenia stanowią jego integralną część, a przy tym z uwagi na ich zakres i termin wprowadzenia nie wpływają na konieczność  przedłużenia terminu składania ofert. Dlatego też, Zamawiający zawiadamia, iż terminy składania i otwarcia ofert nie ulegają zmianie, jak również godziny oraz miejsce składania i otwarcia ofert pozostają bez zmian.

 

Powrót